Sören Eckhoff wurde in Hamburg geboren. Er war Chorleiter und Kapellmeister in Augsburg, am Ulmer und am Heidelberger Theater sowie am Stadttheater Würzburg, dort für kurze Zeit auch Operndirektor. Zudem arbeitete er u. a. mit dem Rundfunkchor Berlin, dem RIAS-Kammerchor, dem WDR- und NDR-Rundfunkchor und studierte u. a. die Uraufführung von Sofia Gubaidulinas „Passion und Auferstehung Jesu Christi nach Johannes“ ein. An der Komischen Oper Berlin übernahm er die Choreinstudierung bei „Die Liebe zu den drei Orangen“, am Nationaltheater Mannheim bei „Lohengrin“. Außerdem hat er einen Lehrauftrag an der Hochschule für Musik in Würzburg inne. Von 2005 bis 2010 war er Chordirektor der Oper Leipzig, es folgte eine Anstellung in derselben Funktion an der Bayerischen Staatsoper von 2010 bis 2019.