Jan Freese studierte zunächst Kunstgeschichte an der Humboldt-Universität Berlin. Danach arbeitete er als Bühnenbildassistent am Maxim Gorki Theater, wo auch erste eigene Bühnenbilder entstanden. Anschließend wurde er Assistent von Prof. Johannes Schütz, unter anderem für die Deutsche Oper am Rhein in Düsseldorf.

Es folgten zahlreiche Arbeiten für Opern, Musicals und Schauspielproduktionen sowie architekturbezogene Rauminstallationen. Weitere Arbeiten führten ihn an das Deutsche Theater Berlin, die Volksbühne Berlin, das Schauspielhaus Dresden, das Ballhaus Ost, die Sophiensaele und das Nationaltheater Mannheim für Inszenierungen der Regisseure Katharina Thalbach, Jan Jochymski, Frieder Venus, Christian Weise, Andreas Gergen und Christian Struppeck.

Am Staatstheater Stuttgart begann seine Zusammenarbeit mit der Regisseurin Katja Wolff, mit der er seitdem künstlerisch eng verbunden ist. Als Mitarbeiter der Bühnenbildner Karl Ernst Herrmann und Rufus Didwiszus sowie der Choreografin Reinhild Hoffmann gastierte er an der Oper Zürich, am Burgtheater Wien, am Staatstheater Kassel und an der Komischen Oper Berlin für Inszenierungen der Regisseure Barrie Kosky und Luc Bondy. Für Regisseurin Maria Viktoria Linke entwarf er das Bühnenbild für Ödön von Horvarths "Der Jüngste Tag" 2016 / 2017.