Johannes Harneit studierte Dirigieren, Komposition und Musiktheorie an der Hochschule für Musik und Theater in seiner Heimatstadt Hamburg bei Prof. Klauspeter Seibel, Prof. György Ligeti und Prof. Günther Friedrichs, zudem assistierte er bei Sergiu Celibidache in München. Bereits während seines Studiums gründete Johannes Harneit eine eigene Klassik-Konzertreihe auf „Kampnagel“ in Hamburg und erwarb sich den Ruf eines herausragenden Musikvermittlers und Dirigenten für Uraufführungen. So erhielt er zahlreiche Einladungen für Konzerte und Festivals und Engagements an die Bayerische Staatsoper und das Bremer Theater.
Um sein Dirigieren umfassend und von Grund auf zu erweitern, wählte Johannes Harneit die Laufbahn eines Kapellmeisters am deutschen Musiktheater: zunächst als Kapellmeister am Oldenburgischen Staatstheater, dann am Musiktheater im Revier (Gelsenkirchen) und den Wuppertaler Bühnen (Wuppertal). 2001-2006 war er Musikdirektor an der Staatsoper Hannover, er entwickelte neue Programmkonzeptionen und dirigierte u.a. die große Oper „Al gran sole carico d´amore“ von Luigi Nono in der Regie von Peter Konwitschny, eine Produktion, die mehrfach ausgezeichnet und zum renommierten Edinburgh International Festival eingeladen wurde. Seine Dirigate führten ihn erneut an die Bayerische Staatsoper, an das Theater Basel, das Teatro La Fenice und an das Belgrader Nationaltheater, wo ihm aufgrund seiner Interpretation von Richard Strauss „Salome“ die Position des Chefdirigenten angeboten wurde. In der Zeit 2007-2011 dirigierte er dort das französische Repertoire sowie alle großen Opern von Mozart, Verdi und Puccini. 2009 und 2010 leitete er zudem sehr erfolgreich zwei Opern-Tourneen (R. Strauß und Tschaikowski) mit dem Orchester des Nationaltheaters in Italien. Johannes Harneit dirigierte das Rousse Philharmonic Orchestra in Bulgarien, die Staatskapelle Weimar und mehrfach das Gewandhausorchester Leipzig, sowie weitere renommierte Orchester wie das WDR Rundfunkorchester Köln, das SWR Sinfonieorchester Baden-Baden und Freiburg, das RSO Stuttgart, die NDR Radiophilharmonie Hannover, das Radio-Sinfonieorchester Budapest und das Dänische Radiosinfonieorchester Kopenhagen. Neben den klassischen Schwerpunkten Bach, Haydn, Mozart, Beethoven, Brahms, Bruckner und Mahler gilt Johannes Harneits Interesse der Musik des 20. Jahrhunderts, insbesondere der zweiten Wiener Schule, Sibelius, Schostakowitsch und den herausragenden Komponisten der Darmstädter Ferienkurse.
Als Komponist erhielt Johannes Harneit zahlreiche Kompositionsaufträge von namhaften Orchestern und Opernhäusern, wie der Oper Leipzig, der Alten Oper Frankfurt, den Stuttgarter Philharmonikern und dem Minnesota Orchestra. 2016 schrieb er Orchesterstücke für das Philharmonische Staatsorchester Hamburg und Kent Nagano. Zudem bearbeitete er 2017 für die Hamburgische Staatsoper Mozarts Zauberflöte, so dass diese Oper von jugendlichen MusikerInnen unter der Leitung von Kent Nagano und Georges Delnon aufgeführt werden konnte.
Mit dem Staatsorchester Darmstadt arbeitete Johannes Harneit erstmals 2015, als er Luigi Nonos „Prometeo“ dirigierte – eine Produktion, die von der Kritik als hervorragend bezeichnet wurde. Im letzten Jahr schlossen sich die erfolgreichen Produktionen „Koma“ von Georg Friedrich Haas und der Musiktheaterwettbewerb an. In diesem Jahr dirigiert Johannes Harneit am Staatstheater Darmstadt die Oper „South Pole“ von Miroslav Srnka.